Функцыянальная адаптацыя - гэта структура або паводзіны, якія ўзніклі калісьці ў эвалюцыйнай гісторыі віду, каб дапамагчы ў выжыванні гэтага віду або яго папярэднікаў. Воданепранікальная яечная шкарлупіна, напрыклад, з'яўляецца функцыянальнай адаптацыяй, якая ўзнікла сярод рэптылій у адказ на неабходнасць адкладаць яйкі ў сухім асушальным асяроддзі, дзе пранікальная яечная шкарлупіна высахне.
Функцыянальныя адаптацыі ляжаць у цэнтры эвалюцыі. Структуры, якія павялічваюць імавернасць выжывання арганізма, вельмі спрыяюць натуральнаму адбору, таму яны з'яўляюцца ва ўсё большай колькасці ад аднаго пакалення да наступнага, пакуль прыкмета не стане фіксаванай і кожны член папуляцыі не стане ёю. Часам функцыянальныя адаптацыі робяць пераход ад адной функцыі да іншай. Прыклад таму - пёры. Пёры з'явіліся ў мезазоі як форма ізаляцыі для некаторых відаў дыназаўраў. Яны выконвалі функцыі ізаляцыі ў гэтых відаў. З часам форма некаторых пёраў змянілася, каб дазволіць лётаць у продкаў сучасных птушак. Такім чынам, у ходзе эвалюцыі птушак пер'е набыло новую функцыю.
Некалі функцыянальныя адаптацыі могуць страціць сваю функцыю. Гэтыя рудыментарныя адаптацыі не заўсёды бескарысныя. Копчык або хвасцец чалавека - прыклад рудыментарнай адаптацыі. Ён па-ранейшаму служыць месцам прымацавання цягліц, але лічыцца, што мае значна меншыя функцыі ў параўнанні з продкавымі формамі.
