Стывен Хокінг пакутуе ад бакавога аміятрафічнага склерозу, які часцей называюць хваробай Лу Герыга або БАС. Нягледзячы на тое, што яму паставілі дыягназ ва ўзросце 21 года, выяўленасць яго сімптомаў паступова прагрэсавала на працягу дзесяцігоддзяў. Перш чым з-за хваробы ён страціў большую частку функцый ніжняй часткі цела, ён быў у стане нарадзіць трох дзяцей.
Бакавой аміятрафічны склероз - гэта нейрадэгенератыўнае захворванне, якое прыводзіць да паступовай гібелі нервовых клетак галаўнога і спіннога мозгу, што перашкаджае здольнасці мозгу кантраляваць рух цягліц. Аднак, як і ў выпадку са Стывенам Хокінгам, прагрэсаванне гібелі нервовых клетак можа быць даволі павольным. Параліч звычайна ўзнікае толькі на позніх стадыях БАС.
Нягледзячы на тое, што яму было цяжка хадзіць і ён адчуваў сур'ёзныя невыразныя гаворкі, Хокінг ажаніўся ў 1965 годзе і нарадзіў першага сына ў 1967 годзе. У наступныя гады яго фізічныя функцыі пачалі яшчэ больш зніжацца да такой ступені, што ён стаў залежаць ад мыліц і больш не мог пісаць. Яго другое дзіця, дачка, нарадзілася прыкладна ў гэты ж час у 1970 годзе. Амаль дзесяць гадоў праз, падчас якога гаворка і рухальныя функцыі Хокінга працягвалі павольна пагаршацца, трэцяе і апошняе дзіця Хокінга, у 1979 годзе нарадзіўся яшчэ адзін сын.
На сённяшні дзень яго стан выклікаў амаль поўны параліч і некаторыя цяжкасці з дыханнем, якія адпавядаюць позняй стадыі БАС.